台港澳居民居住证明天上路，但关心此事的台商、台干与台生认为，仍有五大问题需要调查。

首先是居住证申办时的期限问题。依照规定，台湾民众须在大陆居住、并有稳定就业、就学满半年以上。但大陆官方至今未说明，所谓的半年是指一年内必须住满半年，还是需要连续在一个地方住满半年？若属后者，往来两岸之间的台商、台干、台生，恐怕甚少人符合。

对在大陆始终都住不满半年的工作者而言，是否有其他替代方式？也需官方说明。

第二，台湾民众申办后，由于证件期限为五年。当事人若是五年内更换工作、搬家、毕业、或是回台定居，居住证是否还有效？跨省更换工作，是否需要重新办理新证？

第三，由于该证件属于地方政府管理，大陆现行户籍制度、公积金等政策归属地方政府职权下，未来是否会有“四川办的证，到上海无法使用”的现象？尤其部分省市对于购房有额外限制，未来“四川办的证，到上海能否买房”，是不少人心中的疑问。

第四，根据某些会计师分析，台湾民众一旦办理居住证后，就可能成为大陆官方课税对象。此一说法也待确认。虽然依大陆明年元月一日上路的新版个人所得税法规定，只要在大陆居住满一百八十三天的外籍人士，即须向大陆缴纳所得税，与居住证制度似乎并无直接关系，但有了居住证后，无疑也给税务机关提供了可资稽查的资料。

第五，陆委会副主委邱垂正指出，申请居住证未违反两岸人民关系条例，但在研究是否对申办的台湾民众，做出公权力方面的限制。这也让台商、台干担心，台湾有关部门是否会对办证者“秋后算帐”？