审计报告批评，医管局在明爱医院第二期重建计划，无准确估算工程成本，最终超支四成；又指北大屿山医院的部分医疗服务，未能如期启用，令部份医疗设备，未使用就已经过左保养期；医管局回应指，会进一步加强医院项目的规划、行政及监察工作，包括确保工程项目估算尽量准确，并加强工程与医疗人员之间的协调，令建造工程配合在附近医院大楼进行的医疗手术时间。

医管局又指，会密切监察医疗服务启用进度；并研究临时措施，善用新医院内的空置地方，令医疗设备达至更佳的使用率，同时加强小型工程项目的规划及执行，改善医管局设施老化的情况。