有报道引述消息指，广深港高铁内地口岸区布局方案的图则，曾呈交内地铁路部门审批，工程于半年前动工。运输及房屋局指，当局目标是在高铁香港段通车时，在西九龙总站落实“一地两检”，由于香港段工程预期明年第三季完成，必须在讨论落实“一地两检”的法律安排的同时，全力推进口岸设施的建造工作，以配合通车目标。立法会财务委员会在一零年通过高铁工程项目拨款申请，已包括兴建边境管制设施。

港铁回复指，去年底的季度报告，已汇报工程进度，包括西九龙总站B2及B3层的内地海关、出入境及检疫设施位置，约四千五百米的内墙，已完成约八成九的工程，已完成的房间也陆续交付，以进行室内装修工程，按现在的工程进度，仍以明年第三季投入服务为目标。港铁表示，作为高铁香港段项目管理人，负责项目相关的设计及建造，公司知道政府一直与内地相关部门，就一地两检方案进行商讨，港铁会积极配合政府安排。