第一档次985大学：1999年7月，首批6所高校相继签约入选985大学，成为国家定位的世界一流大学建设高校。

北京大学和清华大学作为超一流大学，率先在1999年7月24日签约入列985工程。

1999年7月25日，中科大成为继清北后第三所985名校 。中国科学院、教育部、安徽省共同签署重点共建中国科学技术大学协议，这也是“985工程”签署的第一个重点共建协议；2004年10月，上述三方又续签了重点共建中科大协议，并对中科大进行“985工程”二期建设；2009年3月，三方再次持续重点签约共建中科大，努力将中科大办成世界一流研究型大学。

1999年7月26日，南京大学签约入选985大学；7月27日，上海双子星高校复旦大学和上海交通大学共同签约进入985大学序列，真正意义上全国首批6所985大学在当年七月签约入选。

第二档次985大学：1999年9月、11月，准首批3所高校签约入选985大学，成为第二梯队的世界一流大学建设高校。

1999年9月11日，西安交通大学签约进入985大学序列；1999年11月8日，浙江大学签约入选985；1999年11月14日，哈尔滨工业大学正式签约成为985大学，至此形成此后九校联盟C9雏形。

第三档次985大学：2000年、2001年签约进入985序列的高校，成为定位的国内一流、国际知名高水平大学建设高校。

2000年9月23日，北京理工大学签约入选985大学；2000年12月25日，天津大学和南开大学同时入选985工程建设高校。