这段时间里，李依依在医院把胳膊划伤过，跳过窗。最后，根据医院建议，李军明给李依依办理了出院，并去了北京师范大学心理辅导中心做了心理辅导。这次在北京花费的5万元治疗费由吴永厚支付。随后，李军明带着李依依回到庆阳，当时，庆阳市教育局已经根据警方的调查结果，给予吴永厚降低岗位等级的行政处分，并调离教学岗位。
2017年7月13日，从北京回到庆阳的李军明向西峰区人民检察院申请立案时，北京安定医院当时已经对李依依做出了最新诊断。李军明记得，他当时还想主动给警方提供安定医院的诊断书，但对方说，必须由他们亲自去北京调查。但不知道为什么，随后在西峰区检察院的不起诉决定中，只根据李依依的抑郁症做出了判决，而庆阳市检察院维持了这一决定。
在庆阳市检察院在新闻通报会上的说法，警方在侦查李依依一案时，曾就李依依的抑郁症是否与吴永厚的猥亵行为有关这一问题咨询过不同的专业人士，最后得出“无直接因果关系”的结论。但除了庆阳市中医院和未被使用的北京安定医院诊断结果，检方并未公布另外采用了哪一方的医学结论。
另外，就在李军明向检察院申请立案的同一时期，庆阳市教育局协调庆阳六中和李军明进行了一次协调。协调会上，李军明说他唯一的诉求就是治好女儿的病。根据他的理解，当事人未得到惩罚、学校的不恰当处理，是造成她女儿生病的主要原因，他提出由学校道歉，救救他的孩子，但没人吭声。最后教育局协调，由学校和吴永厚赔偿李依依35万元医疗费，但李军明拒绝签订协议，因为“公平、公正的处理结果对她看病有帮助，钱能有帮助吗？”
最后的疾病生活
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其实在出事前的5月底，发生了一件事，让李军明很发愁。西峰区检察院和庆阳市检察院决定不起诉后，他怕女儿受不了，一直没跟她说，但5月底，李依依发现了他藏起来的不起诉书，他知道她看过那些文件后，很想跟她沟通一下，但是李依依不说话，过了好几天才对李军明说：“两年了，哪还有个公理，你还奔波个啥啊！”
很难知道，这是不是压垮李依依的稻草之一。直到出事前，李依依身边的亲戚里，大家都知道她生病了，但大多数人并不知道她被学校老师猥亵过。李依依父亲兄弟三人，平辈里她是唯一的女孩，一家人都很宠爱他。她有时候会跟爸爸撒娇，让李军明觉得“女儿真的是父母的小棉袄啊”。
离婚后，李军明发现李依依慢慢变得更加懂事了，她会帮着洗弟弟的衣服，李军明做卫生做得不干净，她还去重新做，偶尔还会说：“爸爸我长大了，我做饭，你去坐着看电视。”李军明性格比较温和，即使离婚前，和妻子也很少在孩子面前吵架，孩子的同学来了，他就做一桌菜，让他们坐一桌，他觉得离婚对李依依可能有影响，但不觉得会影响很大。
李依依有四个堂哥，但她是学习相对好的。李军明记得，在高一或高二的某次家长会上，班主任还在讲台上当着所有家长的面点名表扬过李依依，说她学习一直进步，将来考个二本没问题。还提到说李依依以后想读传媒专业，现在学校里也参加一些主持工作，可以为大学打些基础。李军明还说，高二的最后一次统考，李依依考了全班第七名，特别高兴地回来跟他报喜。但庆阳六中通报说，李依依在高二下期的期末统考成绩为班级第23名。
和大多数的理科生不同，李依依喜欢文学，在她的书架上，排列着的都是《神曲》《浮士德》《圣女贞德》这样内容厚重的文学名著。曾在李依依生病后和她住在同一间宿舍的陈小西说，李依依有时候喜欢跟她讲一些书上看到的人物，但她都不记得了，因为当时她就听不懂。李依依的另外一名同学还说，在一次演讲比赛中，李依依讲了希拉里的故事，主题是关于男女平等，讲完后，她还担心题目太女权了，和比赛主题不符。
在家人保护和文学熏陶下，李依依的世界是相对纯粹的，被吴永厚猥亵后，她在自述书里多处强调，“那种伪善让我觉得丑陋，罪恶”，“扪心自问，我没有做错什么”“在我自以为干净的地方，我受到自己最尊敬的老师的伤害，连我一直倚赖深信不疑的学校都糊弄我。在这世界上，我还敢再相信什么”。
出事后，庆阳六中的校长朱永海曾找李依依单独谈过一次，她希望校长向她道歉，一是为吴永厚当时的举动道歉，二是为学校的处理道歉，她并不是小题大做。但在办公室里，校长只对她讲了自己少年求学的往事，让她尽快回到学校。李军明也记得，在他和学校交涉的过程中，学校一直提醒，“你女儿高三了，你明白吗？赶紧送学校来，离高考还剩多长时间了？”
但实际上，回到学校，对李依依来说始终是一件异常矛盾的事情。在2016年下半年的整整半年里，李依依不断试图回到学校，但每次都无法在学校待上完整的一周，就会因为各种状况不得不被李军明接回家。李明军试图给她办理休学，但李依依拒绝了，因为不愿放弃高考。2017年上半年，李军明不再允许李依依去学校，但5月份因为手机上的英语考试信息，她还去学校参加考试了。
2017年下半年，李依依的一些同学已经上大学去了，还有一些同学留在中学复读，李依依的爸爸给她重新找了一所学校，但是在这里，她发现自己同样没办法学习了。疾病超出了她能自我控制的范围，她总是头疼，睡不着觉，无法看书，记不住事情，“比金银还宝贝的时间剩了那么一点点，我却不得不中断学习，给自己找活下去的理由，终日伴着眼泪入睡，时常被吓醒，这个世界上没有什么比自己都不知道自己什么时候发神经寻死，自己努力为自己找活下去的理由更让人觉得痛苦”。
李明军说，2018年过完年，李依依又开始拿起书本想学习，但她根本学不进去。5月中旬，本来李军明准备再把李依依带到北京住院，做封闭式治疗。因为5月份开始，李军明就发现，李依依的社交网络上开始出现一些高考倒计时的信息了，他知道，李依依的情绪又要波动得厉害了。但李依依没同意，她提议等弟弟放暑假了，一家人一起去北京。
直到6月19日，也就是出事前一天，李依依还对李军明说想上学，说去年那么多同学比她学习还差，今年复读后也考上大学了，凭啥她不能上学。李军明让她不要太心急，先安安静静休息，生活尽可能规律一点，确实治愈了就可以上学了。出事那天早上，李依依11点多才起床，中午，她和弟弟、表哥和堂哥一起吃了饭，出门前还和大家笑着开玩笑。
在官方的通报中，2018年6月20日之前，李依依一共自杀了4次，但李军明说，他其实一共发现了十几次，比如发现依依把他给果树打的农药拿走了，把床单撕碎了结成绳子……每一次他也不说什么，就悄悄处理了。自从李依依生病后，他总是小心翼翼，不知道如何跟她相处，他为女儿讨公道，是因为医生说，公道是女儿的药方。但他觉得自己并不懂孩子，有时候李依依和弟弟吵架，他都是赶紧插进去，把话题岔开，这是他唯一能做的。而李依依身边更多人看到的她，依然开朗，偶尔还能开开玩笑。