复兴航空于2014年发生澎湖空难，澎湖地检署2016年依业务过失致死案件，起诉当日执勤的空军马基地高值勤官荆元武和马公航空站管制席李佳峰两人，澎湖地方法院1日宣判两人无罪。罹难者家属闻讯痛哭，认为这是不公平判决，这场判决不禁令人忆起2014年至2015年间台湾飞安事故频传。事实上，当时复兴航空在短短7个月间就连续发生两起令人遗憾的重大空难，除了上述提到的澎湖空难外，另一起就是基隆河空难，这些意外造成近百人的家庭破碎，基隆河空难更创下台湾14年来死亡最惨重的空难事件。

而澎湖空难和基隆河空难的肇事原因，根据飞航安全调查委员会发布最终调查报告，确认均属人员操作疏失。据了解，除上述两起空难之外，兴航近年也曾发生过三起飞行意外，该公司最近事故如下。

近年复兴航空发生过的意外：

1995年1月30日，兴航班机，在除夕前，飞机返台北松山机场，途中却偏离航道在桃园龟山兔子坑撞山失事，共造成驾驶及机组员4人罹难。

2002年12月21日，兴航班机，从桃园至澳门运货，途中遭遇结冰问题，除冰失败后，在马公西南方处失控坠海，机上驾驶员2人均失踪殉职。

2014年3月飞安会调查委员经过调查，之前马祖仁爱澳口外寻获的一具飞机螺旋桨，比对后发现是1958年兴航的蓝天鹅水陆两用飞机所属部件。

2014年7月23日，兴航班机，由高雄飞往马公，准备降落马公机场时，因台风天气候不佳，该班机盘旋上空数十分钟，机长重新降落却坠毁于湖西乡西溪村，机上乘客及机组员49人罹难、9人受伤。

2015年2月4日，兴航班机，由台北飞往金门，起飞5分钟后随即失控，坠毁于基隆河前擦撞环东大道高架桥。飞航安全调查委员会报告，确定是人为操控失误，造成飞机在空中双发动机失效。

根据飞航安全调查委员会发布最终调查报告，确认兴航近二、三年发生重大空难的原因，多属人员操作疏失。之后兴航也因飞行安全和财政困难，最终在2016年11月宣布直接解散，成为台湾股市有史以来第一家直接宣布解散的公司。