小小年纪大器早成，成为新闻焦点的她难免要面对一些来自外界的质疑。有外国记者直接表示像她这样十几岁的姑娘游得如此之快令人生疑，而且中国游泳队有使用禁药的前科。对此叶诗文的回答是：“我们的运动员只坚信一点，坚决反对兴奋剂，坚决不用兴奋剂。”

中国16岁小将叶诗文打破世界纪录，勇夺女子400米混合泳的金牌，英媒却称她成绩“充满疑问”，怀疑她服禁药。叶诗文回应称“中国人是清白的”。国际奥运会兴奋剂部门主管艾恩-隆格维斯特说：“我拒绝接受叶诗文服用禁药的猜测，除了为她的表现鼓掌，我不会有第二个反应。”路透社援引新浪微博网友留言：“运动员破了世界纪录就说她服药，这种说法是没有风度的，或者说就是嫉妒。”