1月26日，高福表示鼓励适当延长假期。

1月29日，高福等人的一篇题为《新型冠状病毒感染的肺炎在中国武汉的初期传播动力学》的论文在权威医学期刊《新英格兰医学杂志》官网上发表。论文通过数据分析得出结论：自2019年12月中旬以来，密切接触者之间发生了人传人。论文还指出，1月1日至11日期间武汉有7名医务人员感染，1月12日至22日期间有8名医务人员感染。一时间，引起网友对其瞒报疫情的质疑。

1月31日，高福接媒体采访时表示，网友提到的论文是一篇回顾性分析，12月中旬还不知道是什么病，病原不清。网友只是把“流行病学调查和临床诊断混在一起了”。同日，中国疾病预防控制中心回应称，论文提出的“2019年12月份即在密切接触者中发生了人际传播”的观点，是基于425例病例流行病学调查资料做出的回顾性推论。

网上对高福院士的争议继续升温，那时人们很少在媒体上看到他。

随后，高福接受《中国科学报》采访时回应称，目前他正接待从世界各地赶来的世卫组织专家，研讨、沟通新冠肺炎的防治工作。

2月18日，高福联合石正丽、谭文杰等七名专家联名在《柳叶刀》线上平台刊发文章，对新型冠状病毒命名提出了建议，呼吁将病毒命名为HCoV-19（“2019年人冠状病毒”）。

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目前，全国疫情已经得到很好的控制，但仍有部分地区面临境外输入的风险，4月初，绥芬河成为防控重点。高福接受采访时表示，绥芬河的警报已经拉响，而且是非常刺耳的警报！他强调，新冠病毒与众不同，比SARS棘手得多，需要继续保持警惕。要想战胜病毒，还有很长的路。

此外，人们也看到高福院士关注疫苗研发进展情况。4月20日，最后一批国家援鄂医疗队返京。在欢迎仪式上，高福特别强调，根据疫情走势，在应急情况下，可能会于年底给一部分人群如医务人员先行使用新冠疫苗。对于疫苗研发的时间表，高福称，如果按照正常的流程走，可能要到今年年底、明年年初才能出来。

那么，究竟是谁最初提到新冠病毒不存在人传人的现象呢？健康界发现，最初提到持续人传人风险较低的是武汉当地疾控人员。根据当时所掌握的情况，武汉市疾控中心相关负责人曾公开表示，新型冠状病毒传染性不强，不排除有限人传人的可能，但持续人传人的风险较低，疫情可防可控。