1号线南门兜站台下车后，上楼来到站厅层，跟着全新的导向指引，平均步行约50米，通过换乘梯下楼到达负二层换乘大厅，再根据导向指引，步行约50米左右，下楼即可到达负三层2号线站台乘车。

2号线南门兜站台下车后，跟着导向指引，上楼来到负二层换乘大厅，步行约50米，通过换乘梯上楼到达1号线站厅，再跟着导向指引步行约50米，下楼即可到达负二层1号线站台乘车。

新的换乘方式启用后，南门兜站各处皆张贴显眼导向标识，请乘客留意，现场工作人员也将为大家耐心引导。

12月3日起，2号线下车的乘客，若需要换乘1号线，建议使用往苏洋方向端头的上行扶梯，前往负二层换乘大厅。若需要从2号线南门兜站出站，建议使用往洋里端头的上行扶梯，此扶梯可直达负一层的站厅。​

由于建筑结构限制，自助无障碍通行有所限制，需要无障碍通行换乘线路的乘客（例如乘坐轮椅、婴儿车等）请联系车站内的工作人员，工作人员将协助乘客换乘。

南门兜站D2口正抓紧施工中，预计也将在近期开通，届时南门兜站将带给市民更多出行便利。

A1、A2出入口：三坊七巷（南后街）、林则徐纪念馆、清真寺、林则徐小学、福州第二中学、福建省妇幼保健院、福州市第七医院

B出入口：乌山风景区、乌塔公园、冠亚广场

C出入口：福州市人民政府、鼓楼区博物馆、大洋经典百货

D2出入口：西营里新村、斗中新村、乌山苑、闽商楼

D3出入口：华商楼、东升楼、福州市税务局、福州儿童医院、斗南小学、福州大饭店、八一七中路、斗东路、仁德路

E出入口：福建医科大学附属协和医院、延安中学、教育学院附属二小、法海小学、文庙、东兴大楼

H出入口：福建医科大学附属协和医院急诊部

G1出入口：福州市公安局、协和医院门诊部、于山风景区、五一广场、教育学院附属二小、福州格致中学、定光寺、古田路、新权路、于山路、香格里拉大酒店、福建省科技馆、福州市人民会堂、福建大剧院