央视财经在报道中直指獐子岛存在投放死苗、用耙捞法破坏海底环境、过度采捕导致断代等问题。深交所要求獐子岛说明2014年以来虾夷扇贝的投苗情况，并核实是否存在媒体报道的“很多扇贝苗在投放之前就已经死了”的情形；说明长期采用的捕捞方法是否与公司制度、行业惯例一致，是否有利于海底生态的可持续发展。同时要求獐子岛结合虾夷扇贝生产周期，说明公司是否存在过度采捕的情形。

央视财经还报道，2017年11月份发现扇贝死亡之后，獐子岛曾给各级管理人员开会，要求不要向外泄露。深交所要求獐子岛说明2017年11月、12月、2018年1月采捕扇贝的具体情况，并要求其确认媒体所述的要求员工不得外泄的情况是否属实。

此外，2014年虾夷扇贝发生重大损失后，獐子岛成立了海洋牧场研究中心，每年投资不少于1000万元研究海洋生态环境风险防控。深交所要求獐子岛说明截至目前海洋牧场研究中心的投入金额、运行情况、是否达到预期效果及其依据。

公司内控也被深交所关注。央视财经报道称獐子岛“员工监守自盗，公司资产严重流失”。深交所要求说明公司在采购业务、资产管理、销售业务等方面是否建立了相应的内部控制制度，以及上述制度的具体执行情况与有效**，同时核查公司是否存在媒体所述员工侵占公司财产的情形。