有团体引述匿名信，指机场第三条跑道填海工程采用劣质物料，担心造成污染。运输及房屋局副局长邱诚武在立法会跟进三跑工程的委员会上表示，当局也收到有关匿名信件，并已经转交海关，如果发现有不实情况会调查，环保署也会监察环境状况。机管局说，指控并无事实根据，每一次填料运送到填海区时，都会进行测试，现在已测试的八百个样本，全部符合要求，水质检测也未发现有问题。

委员会通过建议，要求机管局提供承建商采购填海物料的价格和来源地等资料。但机管局表示，物料价格属商业敏感资料，不便公开。